Esta es la historia de una posibilidad alternativa de Evangelion a partir del episodio 24 de la serie animada, revivida tras diez años de su publicación original.

• Como si su intención fuera la de anunciar el fin del mundo, el gigante negro Armaros apareció en la superficie de la Luna y arrojó la lanza de Longinus para estrangular la Tierra y someterla a catástrofes naturales sin precedentes.
• En mitad de un caos de tales proporciones, Hikari Horaki, la delegada de la clase de Shinji, a los mandos de una versión blanca de la Unidad 02, el EVA-EURO II, se interpuso en el camino del muchacho y su Super Evangelion.
• A medida que las intenciones de las distintas potencias se entremezclaban, se plantea el destino de Shinji y Ayanami, así como el origen de las anomalías halladas por Asuka en su viaje a la Luna.
• La trama sigue la búsqueda de Kaji y Kensuke de los restos de Seele y el misterioso destino de Misato tras ser secuestrada por Ayanami Nº Quatre.