Meditações Cristãs e Metafísicas (1683) presenta, en su versión más condensada, las grandes líneas de un sistema filosófico original que asume de manera problemática el legado cartesiano, subvirtiendo o reformulando doctrinas emblemáticas del cartesianismo, tales como el estatuto fundador del cogito, la inmanencia de las ideas del sujeto pensante y la creación de las verdades eternas.

• Malebranche asume el cogito como la experiencia que el yo pensante hace de sí mismo, más allá de la dualidad sujeto-objeto.
• La opacidad de la conciencia, interpretada como sentimiento de sí, contrasta con la luminosidad de la ciencia, basada en la evidencia racional.
• El sujeto y la inteligibilidad no coinciden: las concepciones de nuestro espíritu son algo distinto de las ideas que este busca.
• Al igual que Descartes, Malebranche considera la unión como el fenómeno esencialmente distinto del ser humano, pero en un sentido opuesto al cartesiano: la unión no afecta la relación entre alma y cuerpo, sino entre el espíritu particular y la Razón universal.
• La Razón es la comunidad, fuente de comunicación entre los espíritus.
• El pensamiento, necesariamente particular, es el vínculo comunitario que prepara para la unión más íntima, la que nace de la contemplación de la belleza o el amor.